Sai trên tờ khai hải quan là chuyện thường gặp, nhưng sửa sai thì có thời hạn. Quá 60 ngày kể từ ngày thông quan là mất quyền tự khai bổ sung, và khi đó việc phát hiện do cơ quan hải quan chứ không phải do doanh nghiệp.
Bài viết đi qua thời hạn, hồ sơ, quy trình, mức phạt và phần mà hầu hết bài cùng chủ đề bỏ qua: cách hạch toán sau khi khai bổ sung.
Khai bổ sung tờ khai hải quan là gì?
Là việc người khai hải quan khai thêm hoặc sửa đổi thông tin trên tờ khai đã đăng ký, khi phát hiện hồ sơ có sai sót.
Căn cứ pháp lý chính: Luật Hải quan 2014, Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi bởi khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC, và Thông tư 121/2025/TT-BTC áp dụng từ năm 2026.
Ba thời điểm khai bổ sung
| Thời điểm | Tình huống | Mức độ phức tạp |
| Trước khi cơ quan hải quan thông báo kiểm tra hồ sơ | Tự phát hiện sớm | Đơn giản nhất, thường không bị phạt |
| Sau khi hải quan thông báo kiểm tra, trước khi thông quan | Phát hiện trong quá trình làm thủ tục | Có thể bị xử phạt |
| Sau khi hàng đã thông quan | Phát hiện muộn, khi hàng đã về kho | Ràng buộc thời hạn 60 ngày |
Nguyên tắc chung: tự phát hiện và tự khai bổ sung càng sớm thì hệ quả càng nhẹ. Bị cơ quan hải quan phát hiện thì khác hẳn.
Thời hạn khai bổ sung
| Trường hợp | Thời hạn |
| Sai sót phát hiện trước khi thông quan | Trước thời điểm cơ quan hải quan thông quan |
| Sai sót phát hiện sau thông quan | Trong 60 ngày kể từ ngày thông quan, và trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra |
| Nội dung liên quan giấy phép xuất nhập khẩu, kiểm tra chuyên ngành | Không áp dụng thời hạn 60 ngày, thực hiện theo quy định riêng |
Điểm quan trọng nhất về mốc 60 ngày: hết 60 ngày không có nghĩa là không sửa được nữa. Nghĩa là doanh nghiệp mất quyền tự khai bổ sung theo diện tự phát hiện, và nếu sai sót bị phát hiện sau đó thì bị xử lý theo hướng vi phạm chứ không phải tự nguyện khắc phục.
Khoảng cách giữa hai tình huống này rất lớn về mức phạt.
Hồ sơ khai bổ sung
| Chứng từ | Ghi chú |
| Văn bản đề nghị khai bổ sung theo Mẫu số 03/KBS/GSQL | Mẫu ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC |
| Tờ khai hải quan bổ sung trên hệ thống | Khai điện tử |
| Chứng từ chứng minh nội dung khai bổ sung | Hợp đồng, hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng thư giám định, biên bản tùy trường hợp |
Điểm mới từ năm 2026: Thông tư 121/2025/TT-BTC đơn giản hóa hồ sơ khai bổ sung theo hướng chỉ yêu cầu hai chứng từ chính thay vì nhiều loại như trước. Cần đối chiếu chính văn thông tư để biết cụ thể là hai chứng từ nào cho từng trường hợp.
Thông tư này cũng bổ sung quy định chấp nhận chứng từ điện tử từ Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu.
Quy trình thực hiện
| Bước | Việc làm | Bên thực hiện |
| 1 | Phát hiện sai sót, xác định thuộc trường hợp nào và còn trong thời hạn không | Doanh nghiệp |
| 2 | Chuẩn bị Mẫu 03/KBS/GSQL và chứng từ chứng minh | Doanh nghiệp |
| 3 | Khai bổ sung trên hệ thống điện tử, nộp hồ sơ | Doanh nghiệp |
| 4 | Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ | Cơ quan hải quan |
| 5 | Kiểm tra thực tế hàng hóa nếu cần | Cơ quan hải quan |
| 6 | Thông báo kết quả, chấp nhận hoặc yêu cầu bổ sung | Cơ quan hải quan |
| 7 | Nộp thuế chênh lệch và tiền chậm nộp nếu phát sinh | Doanh nghiệp |
| 8 | Hạch toán điều chỉnh trên sổ kế toán | Doanh nghiệp |
Bước 8 là bước hay bị quên nhất, và cũng là bước để lại hậu quả lâu nhất, vì sai giá trị hàng nhập khẩu kéo theo sai giá vốn và sai lợi nhuận.
Bốn tình huống thường gặp
| Tình huống | Cần làm gì | Ảnh hưởng thuế |
| Gửi thiếu hàng so với tờ khai | Khai bổ sung giảm số lượng, kèm biên bản hoặc chứng thư giám định xác nhận số thực nhận | Giảm thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng, có thể được hoàn hoặc bù trừ |
| Khai sai mã HS | Khai bổ sung mã đúng, kèm tài liệu kỹ thuật chứng minh | Thay đổi thuế suất, có thể phải nộp thêm hoặc được giảm |
| Khai sai trị giá hải quan | Khai bổ sung trị giá đúng, kèm hợp đồng và hóa đơn thương mại | Thay đổi cả thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng |
| Sai tên hàng, xuất xứ, đơn vị tính | Khai bổ sung thông tin đúng | Có thể không đổi số thuế nhưng vẫn phải sửa |
Trường hợp gửi thiếu hàng cần lưu ý chứng từ. Chỉ biên bản nội bộ của doanh nghiệp thường không đủ, cần có xác nhận của bên thứ ba như đơn vị giám định hoặc biên bản có chữ ký của hãng vận chuyển.
Mức xử phạt
Theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP, Điều 8 về vi phạm quy định khai hải quan:
| Hành vi | Mức phạt |
| Khai sai về lượng, tên hàng, chủng loại, xuất xứ hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; khai sai về hàng nhập khẩu mà không ảnh hưởng số thuế phải nộp; không khai mối quan hệ đặc biệt giữa người mua và người bán | 1 đến 2 triệu đồng |
| Khai sai về hàng quá cảnh, chuyển khẩu, trung chuyển; hàng sử dụng hoặc tiêu hủy trong khu phi thuế quan | 2 đến 4 triệu đồng |
| Khai sai về hàng xuất nhập khẩu thuộc diện miễn thuế hoặc không chịu thuế | 3 đến 5 triệu đồng |
| Khai sai số hiệu vận đơn, số lượng hành khách, hành lý; khai sai về hàng gửi kho ngoại quan | 5 đến 10 triệu đồng |
| Đã hoàn thành thủ tục nhưng không xuất khẩu hoặc xuất khẩu thiếu so với khai báo | 20 đến 40 triệu đồng |
Ngoài tiền phạt, nếu khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp thì doanh nghiệp còn phải nộp tiền chậm nộp tính từ ngày hết hạn nộp thuế của tờ khai gốc.
Lưu ý cho người duyệt bài: Nghị định 128/2020 đã được sửa đổi bởi Nghị định 102/2021, và hiện đang có dự thảo nghị định thay thế. Cần đối chiếu bản hợp nhất trước khi đăng. Theo quy định chung tại Điều 5 của nghị định, mức phạt trong chương về hành vi vi phạm áp dụng cho tổ chức, cá nhân chịu mức bằng một nửa, nhưng nội dung này cũng cần kiểm tra lại theo bản hợp nhất.
Hạch toán sau khi khai bổ sung
Phần này không có trong bản cũ và cũng gần như không có trên các bài cùng chủ đề.
Ví dụ bằng số
Doanh nghiệp nhập khẩu một lô hàng hóa:
| Chỉ tiêu | Tờ khai gốc | Sau khai bổ sung | Chênh lệch |
| Trị giá tính thuế | 1.000.000.000 | 1.050.000.000 | +50.000.000 |
| Thuế nhập khẩu, thuế suất 10% | 100.000.000 | 105.000.000 | +5.000.000 |
| Trị giá tính thuế giá trị gia tăng | 1.100.000.000 | 1.155.000.000 | +55.000.000 |
| Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu, 10% | 110.000.000 | 115.500.000 | +5.500.000 |
| Tổng thuế phải nộp bổ sung | 10.500.000 |
Kiểm tra: trị giá tính thuế giá trị gia tăng bằng trị giá tính thuế cộng thuế nhập khẩu. Sau bổ sung: 1.050.000.000 cộng 105.000.000 bằng 1.155.000.000. Nhân 10% ra 115.500.000. Khớp.
Các bút toán
1. Ghi tăng trị giá hàng nhập khẩu phần chênh lệch phải trả người bán:
| Tài khoản | Số tiền | |
| Nợ | 156 Hàng hóa | 50.000.000 |
| Có | 331 Phải trả người bán | 50.000.000 |
2. Thuế nhập khẩu nộp bổ sung, tính vào giá trị hàng:
| Tài khoản | Số tiền | |
| Nợ | 156 Hàng hóa | 5.000.000 |
| Có | 3333 Thuế xuất nhập khẩu | 5.000.000 |
3. Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp bổ sung, được khấu trừ:
| Tài khoản | Số tiền | |
| Nợ | 133 Thuế giá trị gia tăng được khấu trừ | 5.500.000 |
| Có | 33312 Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu | 5.500.000 |
4. Nộp tiền vào ngân sách:
| Tài khoản | Số tiền | |
| Nợ | 3333 Thuế xuất nhập khẩu | 5.000.000 |
| Nợ | 33312 Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu | 5.500.000 |
| Có | 112 Tiền gửi ngân hàng | 10.500.000 |
Ba điểm dễ sai
Thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng đi hai đường khác nhau. Thuế nhập khẩu tính vào giá trị hàng nên cuối cùng thành giá vốn. Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu được khấu trừ nên không phải chi phí. Ghi nhầm hai khoản này làm sai cả giá vốn lẫn số thuế được khấu trừ.
Nếu hàng đã bán hết trước khi khai bổ sung thì phần chênh lệch không còn hàng để treo vào. Khi đó phần tăng thêm của trị giá hàng và thuế nhập khẩu phải ghi thẳng vào giá vốn hàng bán thay vì tài khoản hàng hóa, và điều này làm thay đổi lợi nhuận của kỳ ghi nhận.
Tiền chậm nộp không được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Khoản này là chi phí không được trừ, nên phải theo dõi riêng để loại ra khi quyết toán.
Về nguyên tắc ghi Nợ Có, xem bài hạch toán là gì. Từ 01/01/2026 hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025, nên cần đối chiếu số hiệu tài khoản cấp 2.
Cách hạn chế phải khai bổ sung
| Việc làm | Chặn được lỗi gì |
| Đối chiếu hóa đơn thương mại, vận đơn và packing list trước khi khai | Sai số lượng, sai trị giá |
| Xác định mã HS từ tài liệu kỹ thuật, không dựa vào tên thương mại | Sai mã HS |
| Xin xác định trước mã số với hàng mới hoặc khó phân loại | Sai mã HS với lô lớn |
| Kiểm tra mối quan hệ đặc biệt với nhà cung cấp và khai đúng | Bị phạt vì không khai quan hệ đặc biệt |
| Đối chiếu số liệu tờ khai với chứng từ kế toán ngay khi hàng về | Phát hiện sai trong 60 ngày, còn quyền tự khai bổ sung |
Việc cuối cùng là việc kế toán làm được ngay. Nếu bộ phận kế toán đối chiếu tờ khai với hóa đơn và phiếu nhập kho trong tuần đầu hàng về, phần lớn sai sót sẽ được phát hiện khi còn thừa thời gian.
Quản lý chứng từ nhập khẩu cùng Safebooks
Phần lớn sai sót dẫn đến khai bổ sung đến từ việc số liệu nằm rải rác ở nhiều nơi: tờ khai ở bộ phận xuất nhập khẩu, hóa đơn ở kế toán, phiếu nhập ở kho.
Phần mềm kế toán Safebooks gom lại một chỗ:
- Theo dõi lô hàng nhập khẩu từ tờ khai đến phiếu nhập kho và hóa đơn trên cùng một chứng từ
- Tách rõ thuế nhập khẩu tính vào giá trị hàng và thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu được khấu trừ
- Ghi nhận điều chỉnh sau khai bổ sung bằng bút toán có lưu vết, không sửa đè lên số cũ
- Theo dõi riêng các khoản chi phí không được trừ như tiền chậm nộp, để loại ra khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp
- Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025 và Thông tư 133/2016
Xem tính năng chi tiết hoặc phần mềm kế toán doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp
Khai bổ sung tờ khai hải quan sau thông quan trong thời hạn bao lâu?
Trong 60 ngày kể từ ngày thông quan, và phải trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra. Nội dung liên quan giấy phép xuất nhập khẩu hoặc kiểm tra chuyên ngành không áp dụng thời hạn này.
Mẫu nào dùng để khai bổ sung?
Mẫu số 03/KBS/GSQL, văn bản đề nghị khai bổ sung về hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu, ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC.
Quá 60 ngày thì có sửa được không?
Vẫn xử lý được nhưng không còn theo diện tự khai bổ sung. Nếu sai sót bị cơ quan hải quan phát hiện sau đó thì bị xử lý theo hướng vi phạm, mức phạt nặng hơn nhiều so với tự phát hiện.
Khai bổ sung có bị phạt không?
Tùy trường hợp. Tự phát hiện và khai bổ sung trước khi cơ quan hải quan thông báo kiểm tra thì thường không bị phạt. Các trường hợp khác áp dụng khung phạt tại Điều 8 Nghị định 128/2020/NĐ-CP, từ 1 triệu đến 40 triệu đồng tùy hành vi.
Nộp thêm thuế sau khai bổ sung thì hạch toán thế nào?
Thuế nhập khẩu nộp bổ sung tính vào giá trị hàng nhập khẩu. Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp bổ sung ghi vào tài khoản thuế được khấu trừ. Nếu hàng đã bán hết thì phần tăng của trị giá hàng và thuế nhập khẩu ghi thẳng vào giá vốn hàng bán.
Tiền chậm nộp có được tính vào chi phí không?
Không. Tiền chậm nộp thuế là khoản chi phí không được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, cần theo dõi riêng để loại ra khi quyết toán.
Năm 2026 có gì mới về khai bổ sung?
Thông tư 121/2025/TT-BTC ban hành 18/12/2025 sửa đổi các thông tư về thủ tục hải quan, trong đó đơn giản hóa hồ sơ khai bổ sung theo hướng chỉ yêu cầu hai chứng từ chính, và bổ sung quy định chấp nhận chứng từ điện tử từ Cổng thông tin một cửa quốc gia.
Tổng kết
Ba điều quyết định:
Mốc 60 ngày là mốc phân chia hai hệ quả khác hẳn nhau. Trong hạn thì là tự khắc phục, ngoài hạn mà bị phát hiện thì là vi phạm.
Chứng từ chứng minh quan trọng hơn bản thân văn bản đề nghị. Mẫu 03/KBS/GSQL chỉ là đơn, thứ quyết định được chấp nhận hay không là bằng chứng đi kèm.
Khai bổ sung xong chưa phải là xong. Còn phần hạch toán điều chỉnh, và nếu hàng đã bán hết thì phần điều chỉnh rơi thẳng vào giá vốn của kỳ hiện tại.
Nội dung mang tính tham khảo, số liệu trong ví dụ là giả định. Các văn bản về thủ tục hải quan và xử phạt đang trong giai đoạn sửa đổi, cần đối chiếu bản hiện hành. Cần trao đổi thêm, liên hệ với Safebooks.
Bài viết liên quan