Nhận được thông báo kiểm tra thuế không đồng nghĩa với bị phạt. Nhưng có một mốc thời gian quyết định việc bạn có bị phạt hay không, và mốc đó nằm trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra.
Theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp tự rà soát, khai bổ sung và nộp đủ thuế trước mốc đó thì không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với hành vi khai sai. Qua mốc đó thì khoản khai thiếu bị phạt 20%.
Bài này trình bày quy trình kiểm tra, thanh tra, cửa sổ miễn phạt nói trên, cách tính thiệt hại nếu không kịp, và danh mục hồ sơ cần chuẩn bị.
Căn cứ pháp lý đang áp dụng
| Văn bản | Nội dung | Hiệu lực |
| Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 | Thay Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 và Luật 56/2024/QH15 | 01/7/2026, một số quy định từ 01/01/2026 |
| Nghị định 125/2020/NĐ-CP | Xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn | Đã được sửa đổi ba lần |
| Nghị định 310/2025/NĐ-CP | Sửa đổi Nghị định 125/2020, bổ sung trường hợp không xử phạt và trường hợp bất khả kháng | Ban hành 02/12/2025, hiệu lực 16/01/2026 |
Nghị định 125/2020 đã được sửa đổi bởi Nghị định 102/2021, Nghị định 310/2025 và Nghị định 291/2026. Khi tra cứu mức phạt, phải đọc bản hợp nhất chứ không đọc riêng Nghị định 125/2020, vì nhiều mức đã thay đổi.
Phân biệt kiểm tra thuế và thanh tra thuế
Hai thủ tục này khác nhau về phạm vi, mức độ và hệ quả.
| Kiểm tra thuế | Thanh tra thuế | |
| Phạm vi | Thường theo một nội dung, một kỳ hoặc một vài sắc thuế | Rộng hơn, có thể toàn diện nhiều kỳ và nhiều sắc thuế |
| Mức độ | Nhẹ hơn, mang tính rà soát, đối chiếu | Nặng hơn, áp dụng khi có dấu hiệu vi phạm rõ hoặc theo kế hoạch |
| Nơi thực hiện | Tại cơ quan thuế trên hồ sơ, hoặc tại trụ sở người nộp thuế | Thường tại trụ sở người nộp thuế |
| Tần suất với một doanh nghiệp | Có thể nhiều lần | Ít hơn |
| Căn cứ bắt đầu | Quyết định kiểm tra | Quyết định thanh tra |
Điểm giống nhau quan trọng: cả hai đều có một thời điểm công bố quyết định, và chính thời điểm này đóng cửa sổ khai bổ sung được miễn phạt.
Khi nào doanh nghiệp bị kiểm tra
Cơ quan thuế lựa chọn theo đánh giá rủi ro, không chọn ngẫu nhiên. Các dấu hiệu làm tăng rủi ro bị chọn:
- Tỷ lệ chi phí trên doanh thu lệch nhiều so với bình quân ngành.
- Doanh thu tăng nhưng số thuế phải nộp không tăng tương ứng, hoặc lỗ nhiều kỳ liên tiếp mà vẫn mở rộng hoạt động.
- Số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn lớn hoặc hoàn nhiều lần.
- Có giao dịch với doanh nghiệp đã bị cơ quan thuế thông báo ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh.
- Có giao dịch liên kết, giao dịch với bên nước ngoài.
- Khai bổ sung nhiều lần cho cùng một kỳ.
- Chậm nộp hồ sơ khai thuế nhiều kỳ.
- Dữ liệu hóa đơn điện tử trên hệ thống lệch với số liệu kê khai.
Dấu hiệu cuối là dấu hiệu đáng chú ý nhất hiện nay, vì toàn bộ hóa đơn điện tử đã nằm trên hệ thống của cơ quan thuế. Việc đối chiếu doanh thu kê khai với tổng hóa đơn đầu ra, và thuế đầu vào kê khai với tổng hóa đơn đầu vào, được thực hiện tự động.
Việc nên làm định kỳ: mỗi quý, tự đối chiếu ba con số là doanh thu trên tờ khai, tổng hóa đơn đầu ra đã phát hành, và doanh thu trên sổ kế toán. Ba con số lệch nhau là việc phải giải thích được trước khi cơ quan thuế hỏi.
Cửa sổ khai bổ sung được miễn phạt
Đây là nội dung quan trọng nhất của bài.
Theo quy định tại Nghị định 310/2025/NĐ-CP, không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp khai sai, khi người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước một trong các thời điểm sau:
| Thời điểm đóng cửa sổ | |
| 1 | Cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế |
| 2 | Cơ quan có thẩm quyền khác công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế |
| 3 | Cơ quan thuế phát hiện sai sót mà không qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế |
| 4 | Cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện sai sót |
Ba điểm cần hiểu đúng:
- Phải làm đủ hai việc, không chỉ một. Khai bổ sung mà chưa nộp đủ tiền thuế thì không thuộc diện không xử phạt. Nộp tiền mà không khai bổ sung cũng không được.
- Mốc là thời điểm công bố quyết định, không phải thời điểm nhận được thông báo dự kiến hay thời điểm cơ quan thuế bắt đầu làm việc. Giữa lúc có dấu hiệu sẽ bị kiểm tra và lúc quyết định được công bố vẫn còn thời gian để xử lý.
- Không xử phạt không có nghĩa là không phải trả gì. Tiền thuế khai thiếu vẫn phải nộp đủ, và tiền chậm nộp vẫn phải nộp. Phần được miễn là khoản phạt vi phạm hành chính.
Thiệt hại nếu không kịp cửa sổ
Hai khoản phải phân biệt:
| Khoản | Mức | Có được miễn khi khai bổ sung kịp |
| Tiền thuế khai thiếu | Nộp đủ số còn thiếu | Không, luôn phải nộp |
| Tiền chậm nộp | 0,03% mỗi ngày trên số tiền thuế chậm nộp | Không, luôn phải nộp |
| Phạt khai sai dẫn đến thiếu thuế | 20% số tiền thuế khai thiếu | Có |
Tiền chậm nộp không được miễn trong trường hợp này, và cũng không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Xét một doanh nghiệp tự rà soát và phát hiện đã khai thiếu thuế giá trị gia tăng 300.000.000 đồng của kỳ trước, số ngày chậm nộp tính đến khi nộp là 300 ngày:
| Khai bổ sung và nộp đủ trước khi công bố quyết định | Để cơ quan thuế phát hiện khi kiểm tra | |
| Tiền thuế phải nộp | 300.000.000 | 300.000.000 |
| Tiền chậm nộp | 27.000.000 | 27.000.000 |
| Phạt khai sai 20% | 0 | 60.000.000 |
| Tổng phải nộp | 327.000.000 | 387.000.000 |
Kiểm tra: tiền chậm nộp mỗi ngày = 300.000.000 × 0,03% = 90.000 đồng. 90.000 × 300 ngày = 27.000.000 đồng. Phạt 20% = 300.000.000 × 20% = 60.000.000 đồng. Tổng phương án hai = 300.000.000 + 27.000.000 + 60.000.000 = 387.000.000 đồng. Chênh lệch giữa hai phương án = 387.000.000 − 327.000.000 = 60.000.000 đồng. Khớp.
Chênh lệch 60 triệu đồng là toàn bộ khoản phạt 20%, và nó phụ thuộc vào việc doanh nghiệp tự rà soát trước hay chờ bị phát hiện.
Lưu ý thêm: tiền chậm nộp tăng theo từng ngày, nên phát hiện sớm còn giảm được khoản này. Vẫn khoản thiếu 300 triệu đồng, chậm 600 ngày thì tiền chậm nộp là 54.000.000 đồng thay vì 27.000.000 đồng.
Quy trình kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp
| Bước | Nội dung | Việc của doanh nghiệp |
| 1 | Cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra và gửi cho người nộp thuế | Kiểm tra quyết định có đúng tên, mã số thuế, phạm vi, kỳ kiểm tra và danh sách thành viên đoàn |
| 2 | Công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở | Từ thời điểm này, cửa sổ khai bổ sung được miễn phạt đã đóng |
| 3 | Đoàn kiểm tra làm việc, yêu cầu cung cấp hồ sơ, tài liệu | Cung cấp theo yêu cầu bằng văn bản, lập biên bản giao nhận tài liệu cho từng lần |
| 4 | Giải trình các nội dung đoàn kiểm tra nêu | Giải trình bằng văn bản kèm căn cứ, không giải trình bằng lời rồi để trôi |
| 5 | Lập biên bản kiểm tra | Đọc kỹ trước khi ký. Không đồng ý nội dung nào thì ghi ý kiến bảo lưu vào biên bản |
| 6 | Ban hành kết luận và quyết định xử lý nếu có | Rà lại số liệu trong quyết định, thực hiện hoặc khiếu nại trong thời hạn |
Thời hạn của một lần kiểm tra tại trụ sở và thời hạn gia hạn được quy định tại Luật Quản lý thuế (người duyệt bài xác nhận mốc ngày cụ thể theo Luật 108/2025/QH15). Doanh nghiệp nên hỏi rõ thời hạn ngay khi nhận quyết định, vì đó là căn cứ để sắp xếp nhân sự phục vụ đoàn.
Hai nguyên tắc khi làm việc với đoàn kiểm tra:
- Mọi yêu cầu cung cấp tài liệu nên được thể hiện bằng văn bản, và mọi lần giao nhận tài liệu nên có biên bản ghi rõ danh mục, số lượng bản.
- Ý kiến bảo lưu phải ghi vào biên bản kiểm tra. Biên bản đã ký mà không có ý kiến bảo lưu thì sau này rất khó lập luận lại.
Hồ sơ cần chuẩn bị
Chuẩn bị theo nhóm, không chuẩn bị theo thứ tự đoàn hỏi.
| Nhóm | Tài liệu |
| Hồ sơ pháp lý | Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, điều lệ, quyết định bổ nhiệm người đại diện, kế toán trưởng |
| Hồ sơ khai thuế | Tờ khai thuế giá trị gia tăng các kỳ, tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, quyết toán thuế thu nhập cá nhân, các tờ khai bổ sung đã nộp |
| Báo cáo tài chính | Báo cáo tài chính các năm thuộc phạm vi kiểm tra, kèm thuyết minh |
| Sổ kế toán | Sổ nhật ký, sổ chi tiết các tài khoản trọng yếu, bảng cân đối số phát sinh |
| Hóa đơn và chứng từ | Hóa đơn đầu ra, đầu vào, chứng từ thanh toán, nhất là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của các khoản từ 5 triệu đồng trở lên |
| Hợp đồng | Hợp đồng mua bán, hợp đồng dịch vụ, hợp đồng lao động, phụ lục |
| Hồ sơ tiền lương | Bảng thanh toán tiền lương có đủ chữ ký, bảng chấm công, hồ sơ đăng ký người phụ thuộc, chứng từ chuyển khoản trả lương |
| Hồ sơ kho | Thẻ kho, biên bản kiểm kê, biên bản bàn giao hàng hóa |
| Tài liệu nội bộ | Sổ tay kế toán, quy chế tài chính, quy chế lương thưởng, quy chế khoán chi điện thoại và công tác phí |
Nhóm cuối là nhóm hay thiếu nhất và có hậu quả rõ nhất. Các khoản khoán chi được miễn thuế thu nhập cá nhân, hay các mẫu chứng từ tự thiết kế theo Thông tư 99/2025, đều cần văn bản nội bộ làm căn cứ. Không có văn bản thì khoản chi bị loại hoặc bị tính vào thu nhập chịu thuế.
Hai việc nên làm trước khi đoàn tới:
- Đối chiếu doanh thu trên tờ khai với tổng hóa đơn đầu ra và doanh thu trên sổ, cho từng kỳ thuộc phạm vi kiểm tra. Lệch chỗ nào thì chuẩn bị giải trình trước.
- Lọc toàn bộ khoản chi bằng tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên. Đây là nhóm chắc chắn bị hỏi, vì thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì mất cả quyền khấu trừ thuế giá trị gia tăng và phần chi phí được trừ.
Ranh giới sang xử lý hình sự
Phần lớn sai sót về thuế được xử lý bằng biện pháp hành chính. Có hai điều của Bộ luật Hình sự cần phân biệt, vì nhiều bài viết dẫn lẫn nhau:
| Điều | Tội | Ngưỡng |
| Điều 200 | Tội trốn thuế | (người duyệt bài xác nhận ngưỡng và các mức định khung) |
| Điều 221 | Tội vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng | Gây thiệt hại từ 100.000.000 đồng |
Khác biệt về bản chất: trốn thuế là hành vi cố ý nhằm không phải nộp hoặc nộp ít hơn số thuế phải nộp. Vi phạm quy định về kế toán là hành vi làm sai lệch sổ sách, chứng từ, báo cáo và gây thiệt hại. Một vụ việc có thể liên quan tới cả hai.
Yếu tố làm một sai sót chuyển từ hành chính sang hình sự thường là tính cố ý và việc sử dụng chứng từ không có thật. Mua hóa đơn để hợp thức hóa chi phí là hành vi thuộc nhóm này, không phải sai sót kỹ thuật.
Việc nên làm theo định kỳ
| Tần suất | Việc |
| Hằng tháng | Đối chiếu hóa đơn đầu ra, đầu vào trên hệ thống hóa đơn điện tử với sổ kế toán |
| Hằng quý | Đối chiếu doanh thu tờ khai, tổng hóa đơn đầu ra và doanh thu trên sổ. Lọc khoản chi tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên |
| Hằng năm trước quyết toán | Tự rà soát toàn bộ các khoản chi phí có rủi ro bị loại, lập danh sách và quyết định khai bổ sung nếu cần |
| Khi có dấu hiệu sẽ bị kiểm tra | Hoàn tất khai bổ sung và nộp đủ thuế trước khi quyết định kiểm tra được công bố |
| Ngay khi nhận quyết định kiểm tra | Kiểm tra phạm vi và kỳ kiểm tra trong quyết định, phân công người đầu mối cung cấp tài liệu |
Dòng thứ ba là dòng tạo ra giá trị lớn nhất. Tự rà soát trước quyết toán và khai bổ sung chủ động là cách duy nhất để dùng được cửa sổ miễn phạt của Nghị định 310/2025.
Câu hỏi thường gặp
Kiểm tra thuế và thanh tra thuế khác nhau thế nào?
Kiểm tra thuế thường có phạm vi hẹp hơn, mang tính rà soát, có thể thực hiện tại cơ quan thuế trên hồ sơ hoặc tại trụ sở người nộp thuế. Thanh tra thuế có phạm vi rộng hơn, thường áp dụng khi có dấu hiệu vi phạm rõ hoặc theo kế hoạch, và thường thực hiện tại trụ sở.
Bị kiểm tra thuế có phải là bị phạt không?
Không. Kiểm tra là thủ tục rà soát. Chỉ khi phát hiện hành vi vi phạm thì mới có quyết định xử lý. Nếu doanh nghiệp đã khai bổ sung và nộp đủ thuế trước khi quyết định kiểm tra được công bố thì không bị xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi khai sai đó.
Khai bổ sung trước khi bị kiểm tra có được miễn phạt không?
Có, theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP, với điều kiện làm đủ hai việc: khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định, và tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp, cả hai trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hoặc trước khi cơ quan thuế phát hiện.
Miễn phạt có nghĩa là không phải nộp tiền chậm nộp không?
Không. Phần được miễn là khoản phạt vi phạm hành chính. Tiền thuế khai thiếu vẫn phải nộp đủ và tiền chậm nộp vẫn phải nộp, tính 0,03% mỗi ngày.
Mức phạt khai sai dẫn đến thiếu thuế là bao nhiêu?
20% số tiền thuế khai thiếu, cộng với tiền chậm nộp 0,03% mỗi ngày. Với khoản khai thiếu 300 triệu đồng chậm 300 ngày, tiền chậm nộp là 27 triệu đồng và khoản phạt là 60 triệu đồng.
Tiền chậm nộp có được tính vào chi phí được trừ không?
Không. Tiền chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Luật Quản lý thuế nào đang áp dụng?
Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, thông qua ngày 10/12/2025, hiệu lực từ 01/7/2026, thay Luật 38/2019/QH14 và Luật 56/2024/QH15. Một số quy định của luật này có hiệu lực từ 01/01/2026.
Nghị định nào quy định mức xử phạt về thuế, hóa đơn?
Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi bởi Nghị định 102/2021, Nghị định 310/2025 và Nghị định 291/2026. Khi tra mức phạt cần đọc bản hợp nhất vì nhiều mức đã thay đổi.
Vì sao doanh nghiệp bị chọn kiểm tra?
Theo đánh giá rủi ro. Các dấu hiệu thường gặp: tỷ lệ chi phí trên doanh thu lệch bình quân ngành, lỗ nhiều kỳ mà vẫn mở rộng, hoàn thuế giá trị gia tăng lớn, có giao dịch với doanh nghiệp đã ngừng hoạt động, và dữ liệu hóa đơn điện tử lệch với số kê khai.
Đoàn kiểm tra yêu cầu tài liệu bằng lời thì có phải cung cấp không?
Nên đề nghị yêu cầu bằng văn bản và lập biên bản giao nhận tài liệu cho từng lần. Việc này bảo vệ cả hai phía và tránh tranh chấp về việc đã cung cấp hay chưa cung cấp tài liệu nào.
Không đồng ý với biên bản kiểm tra thì làm gì?
Ghi ý kiến bảo lưu trực tiếp vào biên bản trước khi ký, nêu rõ nội dung không đồng ý và căn cứ. Biên bản đã ký mà không có ý kiến bảo lưu sẽ rất khó lập luận lại ở bước sau.
Sai sót về thuế khi nào bị xử lý hình sự?
Khi có yếu tố cố ý và đủ dấu hiệu cấu thành tội phạm. Cần phân biệt Điều 200 Bộ luật Hình sự về tội trốn thuế với Điều 221 về tội vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, trong đó Điều 221 có ngưỡng thiệt hại từ 100 triệu đồng. Sai sót kỹ thuật được xử lý bằng biện pháp hành chính.
Tổng kết
Bốn điều quyết định kết quả một kỳ kiểm tra thuế:
- Cửa sổ miễn phạt đóng vào thời điểm công bố quyết định kiểm tra. Khai bổ sung và nộp đủ thuế trước mốc đó thì không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo Nghị định 310/2025. Phải làm đủ cả hai việc, khai và nộp.
- Miễn phạt không phải miễn hết. Tiền thuế khai thiếu và tiền chậm nộp 0,03% mỗi ngày vẫn phải nộp, và cả hai đều không được tính vào chi phí được trừ. Phần tiết kiệm là khoản phạt 20%, với khoản thiếu 300 triệu đồng thì bằng 60 triệu đồng.
- Tự đối chiếu theo định kỳ là cách duy nhất dùng được cửa sổ đó. Mỗi quý đối chiếu doanh thu tờ khai với tổng hóa đơn đầu ra và sổ kế toán, lọc khoản chi tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên.
- Làm việc bằng văn bản. Yêu cầu tài liệu bằng văn bản, biên bản giao nhận cho từng lần, giải trình bằng văn bản kèm căn cứ, và ghi ý kiến bảo lưu vào biên bản trước khi ký.
Bài viết tổng hợp quy định có hiệu lực tại thời điểm 22/10/2026, dùng để tham khảo. Thời hạn kiểm tra và các mức xử phạt cụ thể nên đối chiếu trực tiếp Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 và bản hợp nhất Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Trường hợp cụ thể nên xác nhận với cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc đơn vị tư vấn.